In diesem Projekt soll eine genomweite Identifizierung von TEL/AML1-Promotor-Bindungsstellen in (a) der TEL/AML1-positiven humanen prä-B-Leukämie Zelllinie REH als einem Kontroll Zellmodell, (b) in in-vitro modifizierten Zellsystemen und schließlich (c) in ALL-Blasten aus Biopsie Material erfolgen durch Chromatin-Immunpräzipitation (ChIP) und folgende Hochdurchsatz DNA-Sequenzierung (ChIP-Seq). Daran soll sich die Validierung von mit ChIP-Seq identifizierten Genen anschließen, die direkt durch TEL/AML1 reguliert werden.

Als Kontrollzellen dienen u.a. humane Zellen, die lentiviral mit dem TEL/AML1-Gen tranduziert wurden und eine starke Expression des Fusionsproteins zeigen (Stephan Lobitz). ChIP soll parallel mit anti-TEL und anti-AML1 Antikörpern erfolgen. Ein für TEL und AML1 überlappendes Kerngenset soll validiert werden z.B. mit quantitativer Reverse-Transcription PCR (q-RT-PCR) und ergänzenden Analysen kopräzipitierter Histonproteine.

Wir werden die mit ChIP angereicherten Gene mit ChIP-Seq identifizieren v.a. weil so wesentlich geringere Input-Zellzahlen und eine genomweite Bindungsanalysen ohne vorherige Annahmen über Bindungssequenzen möglich sind. Dazu kooperieren wir innerhalb der Charité mit Dr. Jochen Hecht (Institut für Medizinische Genetik, Prof. Stefan Mundlos). Die Etablierung der für dieses Projekt erforderlichen Methoden wie z.B. Fluoreszenz-Immunzytochemie, Western Blot und ChIP ist im Wesentlichen abgeschlossen.

Das Projekt soll beitragen zur Aufklärung der Bedeutung des Fusionsproteins ETV6/RUNX1 in der Leukämogenese, insbesondere beeinflusste zelluläre Prozesse/Signalwege charakterisieren und so die Grundlage erweitern für innovative therapeutische Ansätze im Sinne einer Translationsforschung.

Mitarbeiter:
Dipl. Biol. Katja Kaulfuss
Dr. rer. nat. Thomas Heiden