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Numerische Aberrationen von 5q31.3 und X

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Numerische Aberrationen von 5q31.3 und X und deren klinische Relevanz bei TEL-AML1-positiven und –negativen ALL-Erstrezidiven im Kindesalter

Bisher unveröffentlichte Ergebnisse von aCGH-Analysen TEL-AML1-positiver Erstrezidive, die in der Klinik für Pädiatrie des Charité Campus Virchow-Klinikums in Zusammenarbeit mit dem Max-Planck-Institut für molekulare Genetik Berlin Dahlem durchgeführt wurden, weisen auf einen Zusammenhang zwischen schlechtem MRD- (minimal residual disease)-Status und dem Vorliegen von Deletionen der Region 5q31.3 und des X-Chromosoms hin.

Das Ziel des vorliegenden Projekts ist, diese Ergebnisse in einem unabhängigen Patientenkollektiv von TEL-AML1-positiven und negativen ALL-Erstrezidiv-Patienten mit Interphase Fluoreszenz-in-situ-Hybridisierung (FisH) zu validieren. Die TEL-AML1-negative Patienten-Gruppe wird nach den wichtigsten prognostischen  Kriterien (Zeitpunkt und Ort des Rezidives, Geschlecht, MRD-Status) gematcht und ist ebenfalls negativ für die prognostisch ungünstigen chromosomalen Veränderungen t(9;22)(q34;q11) (Philadelphia-Chromosom) sowie für die MLL-Aberration (11q23).

Das Untersuchungsmaterial sind Knochenmarkausstriche der Patienten, die zum Diagnosezeitpunkt angefertigt und im Rahmen der ALL-REZ-BFM Studie gesammelt wurden. Als technische Kontrollen werden Blutausstriche von gesunden Probanden benutzt.

Als Sonden für die zu untersuchenden Regionen werden Bacterial Artificial Chromosomes (BACs) verwendet, die mit Nick Translation gelabelt werden. Für die Analyse der 5q31.3-Region  wird ein BAC eingesetzt, der mit dem Fluoreszenzfarbstoff Spectrum Orange markiert wird. Um numerische Aberrationen von Chromosom 5 festzustellen, wird eine in der Regel nicht deletierte Region auf dem p-Arm von Chromosom 5 mithilfe eines mit FITC markierten BACs sichtbar gemacht (mangels einer Zentromersonde für Chromosom 5). Die Deletion des X-Chromosoms wird jeweils in denselben Zellen mit einer Spectrum Aqua-markierten Zentromersonde der Firma Abbott nachgewiesen.

Die Auswertung der Drei-Farben-Fluoreszenz-Hybridisierungen erfolgt mit einem automatisierten Fluoreszenzmikroskop (Zeiss, Metasystems) im Institut für Medizinische Genetik des Charité Campus Virchow-Klinikums.

Wir hoffen, mit den Ergebnissen dieser Arbeit zu einer Verbesserung der Therapie von ALL Patienten beizutragen.

Methoden

Nick Translation, Interphase-FISH, automatisierte mikroskopische FISH Auswertung